新见解的进化SMN1 SMN2地区:等位基因和单体型频率计算的模拟和分析
文摘
大多数脊髓性肌肉萎缩症患者缺乏SMN1的两个副本。亏损SMN1 (0-copy等位基因)可能发生基因缺失或SMN1-to-SMN2基因转换。尽管全球努力地图内的节段重复SMN地区,大多数程序集不正确地描述这些基因。pericentromeric附近位置提供了强有力的证据表明,动力SMN1和SMN2源自primate-specific paralogous基因重复。最近我们meta-analyzed实验室结果一起公布的数据,为了计算新的变异率和等位基因/在这个顽固的单体型频率和高度不稳定地区的人类基因组。基于我们遵守哈迪温伯格平衡测试的假设,我们认为SMN1基因频率是:‘0-copy疾病等位基因,0.013;“一份正常等位基因”,0.95;“2-copy正常等位基因(即两份SMN1一条染色体),“0.038;和“1 (D)疾病等位基因(SMN1基因内小突变)的0.00024。的SMN1单体型[' (SMN1拷贝数)- (SMN2拷贝数)”)的频率是:‘0 - 0,0.00048; '0-1,' 0.0086; '0-2,' 0.0042; '1-0,' 0.27; '1-1,' 0.66; '1-2,' 0.015; '2-0,' 0.027; and '2-1,' 0.012. Paternal and maternal de novo mutation rates are 2.1 x 10(-4) and 4.2 x 10(-5), respectively. Our data provide the basis for the most accurate genetic risk calculations, as well as new insights on the evolution of the SMN region, with evidence that nucleotide position 840 (where a transition 840C>T functionally distinguishes SMN2 from SMN1) constitutes a mutation hotspot. Our data also suggest selection of the 1-1 haplotype and the presence of rare chromosomes with three copies of SMN1.
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